Эксперт требует валидировать руководство по эксплуатации оборудования

А на что сослался то? При выставлении несоответствия? На какой документ? Вы вне сферы применения прибор используете (например, термометром пытаетесь измерить концентрацию, это образно)? Есть же погрешность, а неопределенность в рамках верификации можно рассчитать.

Я так понимаю, что РЭ он считает сразу нестандартным методом, видимо это связано с термином "верификация" и предполагаемым использованием. Конечно же мы используем оборудование по назначению, шумомером шум на территории, радиометр ли ОА радона. Мне уже подсказали, что это личное мнение этого эксперта, он всем такое "замечательное" замечание даёт.

Да уж, можно считать, что просто не повезло. Но, самое интересное, что если Вы сейчас исправите, потратите время, возможно деньги, то не факт, что через два года, другой эксперт не напишет Вам прямо противоположное, тоже через несоответствие. Здесь я думаю два варианта: либо идти на поводу и исправлять как хочет эксперт (это причем не имеет отношения к истине), либо нанимать грамотного юриста и попробовать оспорить акт (к сожалению, не подскажу процедуру).

Это первичная аккредитация, документарка, проще получить отказ, заплатить ещё раз и скрестить пальцы, что в этот раз выпадет кто-то другой (желательно компетентный).

Ну он знал, что, выставляя такое несоответствие, будет отказ. Остаётся только посочувствовать. Я бы сделала и верификацию, и валидацию при подготовке теперь. В РК прописать, что в целях минимизации рисков, оформляем два пакета документов на каждый тип СИ: и валидацию, и верификацию.