Протокол выдан с ошибкой по вине заказчика. Нужно КД или простое исправление?

Если у вас прописана процедура простого исправления по заявке заказчика, то делайте так, а если такой процедуры нет, то через корректирующие действия. Всем рекомендую прописать процедуру исправления/дополнения протокола по заявке заказчика, ГОСТ 17025 это не запрещает.

7.8.8 Изменения к отчетам 7.8.8.1 Если необходимо внести изменения, дополнения в выданный отчет, переоформить его, любое изменение информации должно быть четко обозначено и, если необходимо, причина внесения изменения должна быть включена в отчет. 7.8.8.2 Изменения в отчет после его выдачи должны вноситься только в виде дополнительного документа или иного способа передачи данных, которые включают формулировку: "Изменение к отчету, порядковый номер... (или иная идентификация)" или другую подобную формулировку. Такие изменения должны соответствовать всем требованиям настоящего стандарта. 7.8.8.3 Когда необходимо выдать новый отчет о результатах, он должен быть уникальным образом идентифицирован и содержать ссылку на отчет о результатах, который он заменяет.