Как доказать эксперту, что работа над ошибками с протоколом была проведена, если запрошен протокол за более ранний срок?

У Вас же форма протокола в каком-то документе приведена, значит вносили изменение в документ или перевыпускали его, значит был какой-то распорядительный документ об этом, его можно показать и ознакомление.

Вы могли это отразить при аудите где и назначали внести изменение в виде рекомендации - если несущественные, или, да, через КД, просто если возникло желание внести изменение, то это можно отразить, как выше коллега написала, через распоряжение и выпуска новой редакции документа, где отражена форма протоколов, я пользуюсь тремя этими возможностями.