Какой документ регламентирует указание "конец протокола"?

Необязательно "конец протокола" писать. Надо просто как-то обозначить, что вот эта страница последняя. ГОСТ 17025: "d) уникальную идентификацию, для того чтобы все его составляющие воспринимались как часть общего отчета, и четкую идентификацию конца отчета;"

У нас так и было, но при последней проверке фразу -конец протокола- бескомпромиссно заставили приписать. Эксперт сказал кратко, это несоответствие или пишите фразу -конец протокола- или Вам отказ.

Если проще выполнить, чем спорить, то лучше не спорить. Мы и в акт отбора добавили. После -конец протокола- ничего уже не должно быть (ни даты, ни подписи), иначе это уже не конец. Также экземпляры (их нумерацию) советуют не писать, лучше один и другой - были случаи, когда просили идентифицировать и показать где первый экземпляр, а где второй.

Нас тоже просили - мы сказали, что тот, что лежит в лаборатории - всегда первый. Логично же.