Достаточно ли верификации нового издания методики, если указано "взамен"

Если взамен и не требуется дополнительное оснащение, то без расширения. Это зафиксировано документально письмом Росаккредитации от 17 мая 2018 года. С этого момента больше никаких других подтверждающих документов не было. Но, как всегда остаётся риск)

Должно быть письмо от ФСА об эквивалентности?

Нет, только обязательно должно быть внедрение проведено.

"Взамен" укладывается в понятие поддержания актуальности методов по ГОСТ 17025. Так ГОСТ 17025 не говорит ни о свидетельствах, ни об аттестации. Там только требование пользоваться актуальными версиями методик. Если прям строго, то да, получается, согласно ФЗ 102 ОЕИ, можно спокойно пользоваться старыми ПНД Ф, так как они есть в Аршине и имеют действующие свидетельства. И не надо даже расписывать работу с неактуальными методиками по 17025, потому что это, по сути, разные методики. Но по мнению разработчика методика заменена, да и эксперты так, разумеется, не примут...