Как внести изменения к протоколам во ФГИС

А как у вас пописано в СМК? Отозвать все нельзя. Только сделать дополнение к протоколам и по процедуре известить заказчика.

По новому загружаете протоколы во ФГИС. Т.е. в базе будет два одинаковых протокола - один первичный, а второй это изменения к первому.

Не надо признавать недействительным протокол. Можно признать недействительной запись о протоколе во ФГИС. Не протокол, а именно запись. Потом создаём новую запись, слегка изменяя её номер (я добавляю "/1"), всё остальное оставляем без изменения, и подгружаем нужный скан.