Является ли нарушением выдача результата до 4 знака по просьбе заказчика, когда в методике до 3

У вас должно быть зафиксировано требование заказчика, тогда нарушением не будет. Также нужно в своем СМК прописать эти моменты.

Требование заказчика не должно противоречить требованиям методики. Будет грубым нарушением, выдача недостоверного результата (методика гарантирует три цифры, а вы напишите четыре, четвертая цифра недостоверная).

Точно можно без ссылки на аттестат аккредитации в протоколе, если прибор позволяет. ФСА этот протокол уже не будет проверять. А вообще не стоит идти на поводу заказчика с незаконными требованиями.