Что делать, если один показатель из МСИ не прошёл?

Дождитесь результатов. Если неуд, то регистрируйте как несоотвествующую работу по вашей СМ, обязательно найдите коренную причину неуда и проведите оценку влияния на ранее выданные результаты. Разработайте корректирующие действия и после их реализации проведите внеплановый ВЛК по этому показателю, а еще лучше пройдите еще раз МСИ.

Значит это не так страшно? Не будет от этого приостановки работы лаборатории по этому показателю? Или можно у них запросить повторное прохождение МСИ по этому показателю сразу?

Со стороны ФСА нет. Но после выявления коренной причины, руководитель вашей ИЛ может принять решение о приостановке работ по этому показалелю, чтобы устранить эту причину. Без выявления и устранения причины смысла в повторных МСИ нет, будет тот же неуд.

Если результат еще не выдали и есть остаток материала - проведите повторные испытания (по ГОСТ 5725). Если материала нет - то, увы, регистрировать несоответствие. Как КД - проведение повторного МСИ по данному показателю. Приостановки не будет. Опирайтесь в ГОСТ Р ИСО 5725-6 на рисунки 1-3. Там схема повторных испытаний представлена.