Регистрация документов первого и второго уровней осуществляется в Журнале регистрации внутренних документов, разработанных лабораторией. Документы первого уровня: документы, описывающие СМ лаборатории (Руководство по качеству и политика в области качества). Документы второго уровня: документы, разработанные в лаборатории и содержащие описание конкретных процедур, на которые есть ссылки в РК (руководящие документы, документированные процедуры, стандартные операционные процедуры, рабочие инструкции, инструкции по эксплуатации оборудования, инструкции по охране труда, и другие).